Новое исследование почти удвоило объем данных по секвенированию коронавируса SARS-CoV-2 из российских образцов. Анализ данных полногеномного секвенирования подтвердил1, что коронавирус ввозился в Россию из других стран, а также вывозился из нее десятки или сотни раз.
Российские ученые проанализировали данные полногеномного секвенирования 3206 образцов SARS-CoV-2, собранных в 78 регионах России, и выявили множественные случаи ввоза коронавируса в РФ, а также его вывоза в другие страны.
Несмотря на жесткие ограничительные меры, большинству стран не удалось предотвратить или существенно задержать распространение коронавируса SARS-CoV-2. В России первый случай коронавирусной инфекции у человека, вернувшегося из Италии, официально зарегистрирован 1 марта, границы были закрыты 30 марта, когда в РФ были 1836 случаев, а в мире 888 460. После закрытия границ международный пассажиропоток уменьшился с 4-5 млн в январе-феврале до 30 тыс. в апреле. Затем, после отмены ограничений, он начал расти и в сентябре-октябре достигал 1,5 млн в месяц. Тем не менее в России коронавирус распространялся стремительно, с пиками в мае и в конце 2020 года; суммарное число случаев в январе 2021 года превысило 3,6 млн, сейчас —4,6 млн.
Авторы работы секвенировали полные геномы вируса из российских образцов, взятых с марта по ноябрь 2020 года, а также включили в исследование еще 1570 геномов из России, ранее помещенных в базу данных GISAID. Еще один образец был получен в Японии, от пассажира лайнера Diamond Princess, который позднее вернулся в Россию, и 15 образцов — от российских граждан в Казахстане. Таким образом, проанализировали 3206 образцов, собранных в 78 из 85 регионов страны.
Филогенетическое дерево, построенное авторами, включало 3 206 российских геномных последовательностей и 217 319 последовательностей, собранных в других странах. На этом дереве российскими линиями передачи (transmission lineages) называли группы геномов, расположенных на одной ветви и имеющих не менее одной характерной мутации в ее основании. Образцы, сходные как с российскими, так и с зарубежными образцами. Их называли «синглетонами» (singletons), если они накапливали изменения по сравнению с предполагаемым «предком», и «стволовыми кластерами» (stem clusters), если этого не происходило.
Авторы идентифицировали 457 российских линий передачи, в которые вошли 2089 (65%) секвенированных образцов. Остальные последовательности представляют собой синглетоны (11%) или стволовые кластеры (24%). Многие линии, в том числе B.1.1 (к ней относится «британский штамм» и множество других) были завезены в Россию неоднократно. Число новых линий передачи по мере получения новых последовательностей продолжает расти с незначительным замедлением; это означает, что многие линии оставались необнаруженными и (или) завоз продолжается. Распространение внутри России тоже происходит достаточно активно: 216 из 454 линий, для которых было известно место сбора, поступили из двух или более регионов.
Сколько линий было завезено в РФ и сколько вывезено? Чтобы оценить минимальные значения, посчитали случаями ввоза только русские веточки в более крупных иностранных ветках — ситуация, когда у образцов с территории РФ очевидно был зарубежный предок, — а случаями вывоза — обратный вариант, иностранную веточку в российской ветке. Получилось 82 случая импорта коронавируса в Россию и 43 случая экспорта. Однако при таком подходе число передач может быть заниженным: все линии, происходящие от одного узла, считаются одним эпизодом ввоза или вывоза, хотя их могло быть и несколько. Альтернативный, менее строгий метод подсчета дал 418 и 118 случаев соответственно.
Передача вариантов SARS-CoV-2 в Россию и из России началась весной и продолжалась в течение всего лета и осени, несмотря на ограничение трансграничных поездок.
Для некоторых случаев вывоза коронавируса из РФ имеются независимые подтверждения. Например, в Новой Зеландии было немного случаев инфекции SARS-CoV-2, при этом секвенировано и выложено в открытый доступ примерно 48% от общего числа. Благодаря этому удалось отследить два случая передачи из России, от моряков, летевших чартерными рейсами из РФ и Украины в середине октября. Были переданы минимум два варианта коронавируса, с этим эпизодом связаны 33 случая заболевания. Также подтверждены случаи вывоза в Южную Корею и Великобританию.
Таким образом, ограничения на международные поездки не могут полностью остановить трансграничное распространение вируса. Геномная эпидемиология подтверждает данные, полученные с помощью эпидемиологического моделирования: ограничения количества рейсов и (или) отмены прямых рейсов между странами недостаточно для предотвращения передачи вариантов. Даже слабый пассажиропоток из страны с высокой распространенностью COVID-19 может быть достаточным для его импорта, и даже небольшой объем импорта способен стать причиной устойчивой передачи внутри страны, отмечают авторы. Особенно это касается вариантов с повышенной трансмиссивностью, появившихся недавно, таких как B.1.1.7.
Источник: PCR.NEWS
- Alina Matsvay, et al. // Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Russia reveals recurring cross-border transmission throughout 2020. // medRxiv, 2021, DOI: 10.1101/2021.03.31.21254115
